Mereka mengambil petunjuk penubuhan mereka daripada kugiran black metal Norway seperti Mayhem, Burzum dan Darkthrone. Duo ini merakamkan dua demo sebelum menyampaikan album penuh pertama mereka, The Codex Necro, pada tahun 2001,[4] bahawa, menurut The A.V. Club, "tetapkan standard blackened death yang masih belum disamakan".[5] Pada tahun 2004, Anaal Nathrakh mengeluarkan album penuh kedua mereka, Domine Non Es Dignus, pada label Perancis Season of Mist.[6] Pada tahun 2006, album ketiga mereka, Eschaton (biasanya dirujuk sebagai "akhir dunia" atau "akhir zaman"),[7] telah dikeluarkan.[8] Album ini menampilkan penampilan tetamu oleh Shane Embury dari Napalm Death[8] dan Attila Csihar dari Mayhem.[9] Album Hell Is Empty and All the Devils Are Here telah dikeluarkan melalui label rekod baharu mereka, FETO Records, pada Oktober 2007.[10] Album ini menampilkan penampilan tetamu daripada Joe Horvath dari Circle of Dead Children.[11]

Pada tahun 2009, Anaal Nathrakh mengumumkan bahawa mereka menandatangani untuk merekodkan label Candlelight Records untuk keluaran mereka In the Constellation of the Black Widow. Mengulas mengenai penandatanganan itu, V.I.T.R.I.O.L. menyatakan, "Candlelight telah menunjukkan kepercayaan yang kuat terhadap Anaal Nathrakh dan melihat beberapa tindakan dalam senarai mereka pada masa lalu dan sekarang nampaknya mereka mampu menyokong niat baik mereka. Dengan bantuan mereka, kami berharap kami akhirnya dapat memecahkan planet ini. dalam separuh", dan "Constellation akan menjadi lebih pantas, lebih berbahaya, lebih menjijikkan, lebih lincah dari segi muzik dan lebih liar berkugiraning sebelum ini. Album ini akan menampilkan penampilan tetamu bola lengkung daripada Zeitgeist Memento of Mexico extremists Repvblika."[12]

Anaal Nathrakh mengeluarkan album penuh keenam mereka, Passion, pada tahun 2011,[13] dan ketujuh mereka, Vanitas, pada tahun 2012. mereka menamatkan rakaman untuk album penuh kelapan mereka, Desideratum, pada Februari 2014, dan mengeluarkan album itu pada 28 Oktober 2014.[14] Desideratum ialah keluaran album pertama mereka sejak menandatangani kontrak dengan Metal Blade Records pada Jun tahun yang sama.[15]

Album kesembilan mereka, The Whole of the Law, telah dikeluarkan pada 28 Oktober 2016.[16] Pada 20 Mei 2018, telah didedahkan bahawa mereka akan mengeluarkan album studio kesepuluh mereka, berjudul A New Kind of Horror. Album ini dikeluarkan pada 28 September 2018.[17]

Pada awal 2020, mereka merakam album kesebelas mereka, Endarkenment.[18] Album itu dikeluarkan pada 2 Oktober 2020.[19][20] Metal Hammer menamakannya sebagai album metal terbaik ke-31 tahun 2020.[21]